Funció
Podem començar per cercar a PFAM el codi uniprot
de la proteïna. Veiem que es tracta d’una proteïna amb un sol domini
ben caracteritzat:
| Taula resum dels dominis PFAM per al
PDB:5p21, UNIPROT: P01112 |
Podem aleshores explorar l’entrada per a aquest domini específic:
PFAM: PF00071, i observem que es tracta d’una GTPasa. El domini concret
Ras està altament distribuït, trobat en més de 1500
arquitectures diferents, vora 2000
espècies
L’estudi del logo HMM ens
mostra una regió molt enriquida en glicines corresponent al P-loop, i
també la gran conservació de la Treonina 35 del fitxer PDB (posició 31
en el logo HMM), que és essencial per a la coordinació de l’ió magnesi,
que participa en la reacció GTPasa, com es pot apreciar en el centre
actiu de la proteïna:
| Centre actiu de la proteïna PDB:5p21.
S’aprecia que l’ió magnesi està coordinat per 6 àtoms d’oxigen: dos
provinents de sengles molècules d’aigua, dos dels fosfats β i γ del GTP, un de la serina 17 i un
altre de la treonina 35 (aquests dos residus, altament conservats en les
posicions 13 i 31
del logo HMM). |
Altres residus altament conservats que s’aprecien al logo PFAM tenen
tasques importants en l’activitat de la proteïna Ras.